Для наиболее корректной работы флешки как под windows так и в Linux её необходимо монтировать как файловую систему vfat и со следующими опциями(лучше сразу прописать их в /etc/fstab)
iocharset=utf8
fmask=0022
dmask=0022
codepage=866
sync
uid={ID вашего пользователя (UID)}
Лично в мой /etc/fstab для этого прописана следующая строчка
/dev/sdb1 /mnt/flash vfat iocharset=utf8,fmask=0022,dmask=0022,codepage=866,sync,uid=1000 0 0
Напоминаю, что определить файл устройства (в моём случае /dev/sdb1) можно воткнув флешку в usb-разъём и выведя командой dmesg последние системные сообщения. Там наверняка это будет указано прямым текстом
# dmesg|tail -n 20 b43-phy0 ERROR: You must go to http://linuxwireless.org/en/users/Drivers/b43#devicefirmware and download the correct firmware (version 4). FAT: utf8 is not a recommended IO charset for FAT filesystems, filesystem will be case sensitive! usb 7-2: USB disconnect, address 2 usb 7-2: new high speed USB device using ehci_hcd and address 4 usb 7-2: configuration #1 chosen from 1 choice scsi3 : SCSI emulation for USB Mass Storage devices usb-storage: device found at 4 usb-storage: waiting for device to settle before scanning usb-storage: device scan complete scsi 3:0:0:0: Direct-Access Generic USB Flash Disk 1.00 PQ: 0 ANSI: 2 sd 3:0:0:0: [sdb] 1024000 512-byte hardware sectors (524 MB) sd 3:0:0:0: [sdb] Write Protect is off sd 3:0:0:0: [sdb] Mode Sense: 00 00 00 00 sd 3:0:0:0: [sdb] Assuming drive cache: write through sd 3:0:0:0: [sdb] 1024000 512-byte hardware sectors (524 MB) sd 3:0:0:0: [sdb] Write Protect is off sd 3:0:0:0: [sdb] Mode Sense: 00 00 00 00 sd 3:0:0:0: [sdb] Assuming drive cache: write through sdb: sdb1 sd 3:0:0:0: [sdb] Attached SCSI removable disk